Cutadapt

Présentation de l'outil

Cutadapt est un outil fréquemment utilisé dans le domaine du séquençage à haut débit. Il permet d’éliminer efficacement les adaptateurs, les queues poly-A, les nucléotides de faibles qualités aux extrémités, les N, les séquences de basse qualité et bien d'autres séquences ou nucléotides problématiques.

Il a été développé par l'équipe du Dr Sven Rahmann à l'université de Dortmund

Si vous rencontrez des difficultés liées à l'utilisation de l'outil Cutadapt, il vous est possible d'ouvrir une issue sur leur gitlab

Dans le pipeline RNAseq, Cutadapt est lancé par Trim Galore qui est un regroupement des outils Cutadapt et FastQC.

Dans le cadre du pipeline Nextflow nf-core/RNA-seq, Cutadapt est lancé en pré-traitement des données, avant l’alignement. Les données sont des lectures d’ARN séquencées par Illumina.

Figure 1 : pipeline RNAseq simplifié.