DESeq2

DESeq2 est disponible dans Bioconductoret est maintenu par Michael Love. Il s'agit d'une librairie R qui mesure les différences d'expression génique des données de comptage issues de séquençage à haut débit.

Elle permet notamment de réaliser des ACP entre échantillons pour mettre en évidence d'éventuelles ressemblances entre échantillons (Les réplicats se retrouvent souvent proche).

Ici le manuel de référence, et un exemple de traitement de données RNAseq.

Dans le cadre du pipeline Nextflow nf-core/RNAseq, DESeq2 est lancé dans la "partie 5 : statistiques". Les données d'entrée de DesEQ2 est une matrice de comptage comprenant la liste des transcrits alignés avec leur quantification, pour chaque échantillon. L'objectif est d'analyser l'expression différentielle selon les échantillons.

Figure1 : pipeline RNAseq simplifié.