DESseq2

ACP : Analyse en Composante Principale

Figure 1: ACP générée à partir de la matrice de quantification RNAseq, calculée par RSEM.

source : nf-core RNAseq MultiQC

Les ACP sont de bons outils pour valider les échantillons biologiques avec la vérification d'une bonne séparation en lots. Sur l’exemple ci-dessus, chaque point représente un échantillon. Les points sont regroupés par deux car chaque échantillon est représenté à proximité de son réplicat. C’est un bon indicateur que les étapes expérimentales se sont bien passées.

Fidure 2: differences in principal components between sample prefix (origin or replicate).

source : nf-core RNAseq Output