FastQC

Contenu en N par base

Certains séquenceurs substituent un N lorsqu’ils ne peuvent pas faire un appel de base avec une confiance suffisante. Ce graphique montre le pourcentage d’appels de base N à chaque position.

Figure 1 : pourcentage de N dans les lectures.

source : Babraham Training Courses

Une faible proportion de N à la fin de la séquence n’est pas une cause d’inquiétude. Il y a souvent plus de N sur la lecture 2 que sur la lecture 1, ce qui est normale car la lecture 1 est souvent de meilleur qualité. Si la proportion devient trop élevée, cela indique par exemple une dégradation du matériel séquencé.

Les séquenceurs Novaseq n’utilisent plus de N. En revanche, les MiSeq et HiSeq d’Illumina peuvent substituer des N.

Figure 2 : schema représentant les résultats attendus.

source : eager pipeline nf-core