FastQC
Dépannage
Qualité du séquençage
La qualité du séquençage n’est pas nécessairement correcte. C’est la raison pour laquelle certains logiciels d’alignement recalculent la qualité : GATK.
Biais technique
Biais dû à l’amorçage aléatoire par hexamère
Ce biais impacte la composition du début des séquences.
Figure 1 : pourcentages de A, T, C ou G dans les lectures pour un échantillon.
source : Babraham Training Courses
Biais dû à une contamination
Ce graphique est un exemple de biais de pourcentage de GC qui pourrait indiquer une contamination de l’échantillon par un autre organisme ou un fragment.
Figure 2 : graphique représentant le pourcentage de GC dans les lectures pour un échantillion et selon une distribution gaussienne.
source : Babraham Training Courses