Logiciel FastQC

FastQC est un logiciel développé par le groupe Babraham Bioinformatics de l'institut Babraham.

FastQC vise à fournir un moyen simple de réaliser des contrôles de qualité sur les données de séquence brutes provenant des pipelines de séquençage à haut débit. Il propose un ensemble modulaire d’analyses qui vous permettent de mettre en évidence d'éventuels problèmes dans vos données, dont vous devriez être conscient avant de procéder à toute analyse ultérieure.

Sur la page du projet FastQC, vous pouvez trouver la Documentation et quelques exemples de rapports.

Quelques articles explicatifs sur des graphiques en échec issus de FastQC, sont accessibles sur https://sequencing.qcfail.com/software/fastqc/.

Dans le cadre du pipeline Nextflow nf-core/RNAseq, FastQC est lancé 2 fois dans la "partie 1 : préparation des données". FastQC est lancé avant et après le nettoyage des séquences non alignées afin de pouvoir comparer la qualité des données avant et après leur nettoyage.

Figure1 : pipeline RNAseq simplifié.