fastp

fastp est un outil de nettoyage des séquences pour en améliorer la qualité. Il coupe les adaptateurs, supprime les séquences trop petites, trop longues ou de trop mauvaise qualité.

Il a été créé par Shifu Chen, Zhou Yanqing, Yaru Chen et Jia Gu.

fastp est utilisé dans le préprocessing des données, il prends donc en entrée les séquences en format FastQ.

Figure 1 : pipeline SAREK simplifié.