Feature Counts

Feature counts est un outil de quantification de données génomiques. Il permet de compter les caractéristiques des génomes telles que les gènes et exons.

Il prend en entrée des fichiers SAM/BAM des séquences testées et un fichier d’annotation GTF du génome de référence. Il fait partie du paquet Subread.

Dans le cadre du pipeline Nextflow nf-core/RNAseq, FeatureCounts est lancé dans la "partie 5 : statistiques". Il se sert de l’alignement obtenu sur le génome de référence pour estimer quels sont les biotypes exprimés.

Figure1 : pipeline RNAseq simplifié.