Picard

Picard est un ensemble d’outils permettant de manipuler efficacement des données de séquençage à haut débit.

Il est possible de signaler des problèmes liés à Picard sur leur GitHub.

Dans le cadre du pipeline Nextflow nf-core/RNAseq, Picard est lancé dans la "partie 5 : traitement des données alignées". Il se sert des lectures alignées pour quantifier celles qui sont issues de duplications.

Figure 1 : pipeline RNAseq simplifié.