QualiMap

Qualimap est un outil d’évaluation de séquençage. Il permet de traiter des données RNAseq, ChIP-seq, de séquençage de génomes entiers et de séquençage d’exomes entiers.

Pour des questions sur l'outil, il est possible de rejoindre le Qualimap Google group.

Il a été créé par Konstantin Okonechnikov, Sonia Tarazona et Ana Conesa en lien avec l'institut de Max Planck pour la biologie infectieuse et le CIPF.

Dans le cadre du pipeline Nextflow nf-core/RNAseq, Qualimap est lancé dans la "partie 5 : statistiques". Il va traiter les transcrits obtenus.

Figure 1 : pipeline RNAseq simplifié.