RSeQC

Sens de brins des lectures

Figure 1 : diagramme en barre représentant le sens des brins pour les lectures.

source : nf-core RNAseq MultiQC

L'axe des ordonnées représente les échantillons et l'axe des abscisse le pourcentage d'attribution des sens des brins pour les lectures.

infer_experiment.py permet de déterminer sur quel brin les lectures se sont alignées durant l’alignement (sens ou antisens) à partir du brin du gène auquel elles se sont alignées.

Comme on peut le voir dans la figure 1, la majorité des lectures se sont alignées sur des gènes présents sur le brin antisens. La partie undetermined correspond aux cas où le gène peut être lu à plusieurs endroits dans différents sens. Il est donc impossible de déterminer le brin des lectures transcrites de ce gène-là.

Figure 2 : schema représentant un fragment et son contenu.

source : Biostar Issues