RSEM

Alignement des lectures

L’outil RSEM est conçu pour estimer les niveaux d’expression des gènes à partir de données RNAseq.

Figure 1 : attribution des lectures après alignement.

source : MultiQC example RNAseq

Dans le graphique ci-dessus, les échantillons sont comparables les uns aux autres et divisés en 4 catégories :

  • Aligned uniquely to a gene représente les pourcentages de lectures qui sont alignées sur un seul gène.
  • Aligned to multiple genes représente les pourcentages de lectures qui sont alignées sur plusieurs gènes.

  • Filtered due to too many alignments est le pourcentage de lectures qui ont été filtrées car elles étaient alignées à trop d’endroits sur les génomes de référence.

  • Unalignable reads correspond au lectures qui ne peuvent pas être alignées sur la référence.
    •

    Si vous avez un pourcentage trop élevé de lectures non alignables, cela pourrait être dû à une contamination ou à une trop grande différence entre le génome de référence et les séquences de vos échantillons.

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