Salmon

Salmon est un outil de quantification transcriptomique pour les données RNAseq.

Il a été développé par Rob Patro à Stony Brook University en collaboration avec Geet Duggal et Carl Kingsford de biologie computationnelle à Carnegie Mellon University, ainsi que Mike Love à UNC Chapel Hill et Rafael Irizarry à Harvard et au Dana Farber Cancer Institute.

Voici l'article de présentation de l'outil, et la documentation.

Dans le cadre du pipeline Nextflow nf-core/RNAseq, Salmon est lancé dans plusieurs parties. D'abord dans la "partie 2 : mapping" en tant qu'aligneur, et puis dans les parties "1 : préparation des données" et "3 : quantification" comme quantifieur des lectures et des transcrits.

Figure 1 : pipeline RNAseq simplifié.