Salmon

Quantification des lectures appareillées

Figure 1: distribution des longueurs des lectures raboutées pour chaque échantillon.

source : nf-core RNAseq MultiQC

Dans la figure 1 représente les longueurs des fragments de lectures appariées sur l'axe des abscisses. En ordonnée, les quantités normalisées pour chaque échantillon. Ces résultats sont en lien avec le graphique inner distance. La représentation de la taille totale des deux lectures plus l’inner distance pour chaque association nous permet de vérifier si notre librairie de séquençage est bien celle indiquée.

Par exemple, on sait que la taille des lectures ici est de 100 pb pour deux échantillons (GM_12878 et K562) et de 75 pb pour les deux autres (H1 et MCF7). Pour GM_12878_REP2, avec une valeur de 200, son inner distance est d’environ 0. Les deux lectures se recoupent occasionnellement. En revanche, pour H1, on a un pic à 287, donc les lectures appariées ne se recoupent presque pas ou en tout cas beaucoup moins que pour GM_12878.

Figure 2 : schema représentant un fragment et son contenu.

source : Biostar Issues