Samtools

SAMtools est un outil multitâche qui peut notamment permettre l'analyse des fichiers SAM/BAM.

Vous trouverez ici les dernières mises à jour des Samtools.

Il ont été développés par Heng Li

Dans le cadre du pipeline Nextflow nf-core/RNAseq, Sam est lancé dans la "partie 4 : traitement post-mapping". Il analyse les fichiers BAM/SAM.

Figure 1 : pipeline RNAseq simplifié.