Help4MultiQC
https://bios4biol.pages.mia.inra.fr/Help4MultiQC/
Ce GitBook a pour objectif d'aider les utilisateurs à interpréter les graphiques générés par l'outil MultiQC, lors de l'analyse de données NGS issues de diverse pipelines comme RNAseq et 16S metaGenomics.
Ce projet est coordonné par le CATI Bios4Biol de INRAE
Vous trouverezplus de détails sur la page MultiQC qu'un exemple de rapport MultiQC pour des données RNAseq.
Pour commencer
Support
Pour tout commentaire, suggestion ou problème, n'hésitez pas à nous contacter, par exemple, en ouvrant une issue (https://forgemia.inra.fr/bios4biol/Help4MultiQC/-/issues).
Contribution
Si vous voulez apporter votre savoir au projet pour en améliorer le contenue, ajouter des descriptions de graphiques ou ajouter des descriptions de pipelines entiers, il vous suffit de contacter un des membres du projet.
Auteurs et remerciements
Ce travail a été réalisé par le CATI Bios4Biol avec la contribution de Gaston Rognon @gaston.rognon1, Claire Hoede @claire.hoede, Yannick Lippi @ylippi et Sarah Maman-Haddad @sarah.maman-haddad ,
Le contenu de ce Gitbook a été principalement inspiré par du contenu déjà publié dont voici les sources, d'autres sources sont listées tout au long du GitBook:
- https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/course/view.php?id=196§ion=1
- https://github.com/nf-core/rnaseq/blob/master/docs/output.md#quality-control
- https://github.com/hbctraining/Intro-to-rnaseq-hpc-salmon/blob/master/lessons/qc_fastqc_assessment.md
- https://youtu.be/qPbIlO_KWN0
- https://multiqc.info/docs/#using-multiqc
- https://rtsf.natsci.msu.edu/genomics/technical-documents/fastqc-tutorial-and-faq.aspx
- https://subread.sourceforge.net/featureCounts.html
- https://multiqc.info/
- https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1276-2
- https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360037052812-MarkDuplicates-Picard
- https://academic.oup.com/bioinformatics/article/28/20/2678/206551?login=true
- https://nf-co.re/rnaseq/3.14.0/results/rnaseq/results-b89fac32650aacc86fcda9ee77e00612a1d77066/aligner_star_rsem/multiqc/star_rsem/?file=multiqc_report.html
- http://qualimap.conesalab.org/
- https://rnnh.github.io/bioinfo-notebook/docs/featureCounts.html
- https://homolog.us/blogs/tech/2012/02/19/illumina-paired-end-libraries-inward-and-outward-looking-reads/
- https://genome.cshlp.org/content/suppl/2008/09/26/gr.078212.108.DC1/maq-supp.pdf
- http://www.htslib.org/doc/samtools-flagstat.html
- https://www.biostars.org/p/268550/
- https://support.bioconductor.org/p/91818/
- https://help.galaxyproject.org/t/unassigned-ambiguity-problem-in-featurecounts/5921/2
- https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/
- http://qualimap.conesalab.org/doc_html/analysis.html
- https://kokonech.github.io/qualimap/kidney_rnaseqqc/qualimapReport.html
- https://www.biostars.org/p/14283/
- https://www.seqanswers.com/forum/bioinformatics/bioinformatics-aa/20193-duplication-level-of-rna-seq-data
- https://rseqc.sourceforge.net/#read-duplication-py
- https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/transcriptomics/tutorials/ref-based/tutorial.html
- https://biocontainers.pro/tools/fastp
License
Ce travail est sous la license, Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Fonctionnalités MultiQC
Diagrammes en barres
Le curseur peut être positionné sur chaque échantillon afin d’afficher les valeurs ou les pourcentages associés.
De plus, vous pouvez sélectionner les légendes affichées que le graphique en cliquant sur leur titre dans la légende
Il est possible de zoomer sur une partie de graphique en cliquant à gauche. Il suffit de cliquer sur Reset zoom pour rétablir l'état initial du graphique.
Courbes
Vous pouvez placer le curseur dessus et nous vous montrerons les quantités à l'abscisse désignées sur un échantillon.
Il est possible de zoomer sur une partie de graphique en cliquant à gauche. Il suffit de cliquer sur Reset zoom pour rétablir l'état initial du graphique.
Diagrammes en violon
En sélectionnant un point du graphique avec votre souris, vous pouvez visualiser les métriques de l'échantillon sélectionné sur le graphique.