Visualiser vos bam avec IGV

  1. Lancer IGV

  2. Charger un génome (fichier fasta)
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  3. Charger une annotation (fichier gtf ou gff)
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    Noter que l'on peut faire une recherche par mots-clés ou par coordonnées.

  4. Charger les alignements (fichier bam, avec un fichier bai à côté)
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  5. En général la vue est trop large pour voir les alignements il est nécessaire de zoomer.
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Pour comprendre la navigation dans l'interface vous pouvez visualiser les vidéos suivantes :

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